Para quitar el virus de accesos directos lo que tenemos que hacer primero es ingresar al cmd, ubicarnos en nuestra memoria (en mi caso G:), y escribir el siguiente comando

Attrib /d /s -r -h -s .

Quita el virus de acceso directo de tu usb!

Attrib: Para visualizar o modificar atributos
/d: Para poder procesar carpetas
/s: Para poder procesar subcarpetas
-r: Quitar atributos de solo lectura
-h: Quitar atributos de oculto
-s: Quitar atributos de sistema
.: Para archivos de cualquier nombre, con cualquier extension

Y ahora si en mi flash ya aparecen todas las carpetas que tenia, y los virus (DrivesGuideInfo en mi caso, en otros puede variar)

Windows Vista o 7 : En caso de que en el proceso de ejecución del comando les aparezca “Acceso denegado” prueben con ingresar a Inicio –> Accesorios –> Clic derecho sobre Símbolo del Sistema y seleccionar Ejecutar como Administrador

Puedes ver cómo proteger tu USB al conectarla a un computador externo aquí!